Angew. Chem. | 通过可逆酰化反应捕获瞬时的RNA复合物

  • A+

分享一篇angew上的文章,文章的通讯作者是来自斯坦福大学化学系的Eric Kool教授,其课题组的主要研究方向是使用化学工具研究核酸及其加工酶的结构、相互作用和生物活性。

1

     很多研究发现,RNA-RNA相互作用对于生物体内的基因调控有关键作用,但由于其作用时间短暂、分离后很快会被核酸酶降解,因此研究起来较为困难。虽然很多交联方法可以捕获这种相互作用,但是现有的手段几乎都是不可逆的,会干扰到后续对RNA的分析。为此,作者研发了一种可逆的化学交联剂(BINARI),用以捕获瞬时的RNA相互作用复合物。

2

      此前,作者报道了一种叠氮取代的RNA酰化试剂NAI-N3,能够通过酰化反应修饰在RNA链的2’-OH位置,经膦还原后脱除,达到可逆修饰的效果。在此基础上,作者在聚乙二醇(PEG)两端连接酰化基团合成了三种不同长度的交联剂。

3

      用模型RNA链对三种交联剂分别进行体外实验,分析交联量发现,当两个酰化基团有一定距离时交联效果最好,这是因为交联主要发生在非碱基配对的区域,但也依赖于双链部分区域配对,才能使两条链接近。

   随后作者测试了膦还原剂脱除修饰的效果,发现三(3-羟基丙基)膦(THPP)能够有效脱除交联剂,模型RNA的回收率最高能达到70%。

0

      RNA易受核酸酶降解,作者设想利用BINARI交联后,双链RNA复合物可能不受单链核酸酶的降解。测试了T1和S1核酸酶发现,交联的RNA基本保持完整,说明该交联剂能够针对单链选择性核酸酶为RNA提供保护。

   综上,作者开发了一种可以捕获瞬时RNA间相互作用复合物的交联剂(BINARI),经膦还原剂THPP还原后能够有效脱除,达到可逆反应的效果,有利于后续对RNA的分析。作者预测,未来这种可逆的交联方法与高通量测序技术结合将有助于对RNA相互作用组的定位。


本文作者:CRY

责任编辑:LZH

原文链接:https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.202010861

原文引用:DOI:10.1002/anie.202010861

weinxin
我的微信
关注我了解更多内容

发表评论

目前评论:0