化合物定制合成网 > 新闻资讯 > 利用酰亚胺基氟磺酰胺通过六价硫氟交换进行“逆向”药物发现
这里和大家分享的是最近发表于Nature Chemistry上的一篇关于二代点击化学:六价硫氟交换反应(SuFEx)的一个最新的应用工作。该工作由Scripps Research的几个著名课题组合作完成,其中化学方面的工作由K.Barry Sharpless课题组完成,而生物方面的工作主要由Jeffery W.Kelly课题组完成。李苏华教授(现中山大学)完成了该系列硫氟类小分子探针的合成。
与通过候选药物分子和蛋白质可逆地结合来调节生物功能的常规方式相比,通过候选药物分子与其靶蛋白形成共价链接的调节方式尚未得到充分研究,部分原因是人们对脱靶反应性的担忧。然而,在结合特定蛋白质时才被活化生成共价键的潜在亲电试剂可以最小化与脱靶反应性相关的毒性。在此,我们研究了一类可进行六价硫氟交换的弱亲电试剂—酰亚胺基氟磺酰胺( SAF,sulfuramidimidoyl fluoride),结构通式如下:
研究表明, SAF与蛋白质的结合可允许特定氨基酸侧链对其亲核进攻生成链接物。我们将带有亲电性 SAF官能团的小分子与人类细胞裂解液一起孵育,并通过亲和色谱—质谱法确认了形成的蛋白质链接物。这种逆向药物发现方法识别出一种能与活细胞中重要的抗癌靶点—聚( ADP核糖)聚合酶 1( PARP1,poly(ADP-ribose) polymerase 1)共价结合并不可逆地抑制其活性的化合物。 在常规的药物发现方法中,人们已筛选出了许多具有调控分离的靶蛋白或特定细胞表型功能能力的小分子。这些方法可以筛选得到历经共价和非共价机制而发挥作用的活性化合物。出于避免脱靶毒性的考虑,历史上制药界一直避免使用与靶点形成共价结合的药物。与非共价抑制剂相比,共价抑制剂在延长作用时间,降低剂量要求以及降低耐药发展可能性方面具有潜在的优势。因此, 我们发展了一种逆向药物发现( IDD, inversedrug discovery)策略,该策略涉及使多种含有较弱但可激活的亲电试剂与细胞裂解液中的人类蛋白质组反应,以识别目标蛋白质。该方法仅使用少量的具有温和反应性的化合物即可识别人蛋白质组中的许多亲核位点。 较早的 IDD研究使用的是芳基氟磺酸酯,其被互补蛋白结合位点的几何结构和组成活化生成共价键,得到酶和非酶链接物。从本研究中我们了解到,合适的蛋白质结合位点的存在使亲电硫中心置于酪氨酸或赖氨酸侧链亲核试剂的近端,从而使六价硫氟交换( SuFEx,sulfur(VI) fluoride exchange)反应得以进行。附近存在的阳离子精氨酸和 /或赖氨酸侧链似乎对于降低 SuFEx反应的势垒至关重要,因为这些残基可能促进了反应过程产生的氟离子的离去。这些阳离子残基也可能干扰具有反应性侧链的 pKa,从而增强其亲核性。采用磺酰氟和芳基氟磺酸酯的 SuFEx反应的潜力已在材料科学和后期药物分子功能化以增强药理活性等领域得到证实。 在此,我们将 IDD方法应用于 SuFEx衍生的亲电试剂的另一个家族,即酰亚胺基氟磺酰胺( SAF),其蛋白质组反应性先前未经评估。我们探讨了以下假设:蛋白质中独特的化学环境应允许使用反应性较低的,通过 SuFEx衍生的 SAF用于 IDD。 SAF是通过两步 SuFEx反应过程制备的(图 1a)。首先,烷基或芳基伯胺与四氟氧硫( SOF4 )在标准温度和压力及两当量的有机碱存在下反应,生成相应的酰亚胺基二氟氧硫。接着,在三乙胺的存在下,用仲胺取代剩余的其中一个氟,即可生成相应的 SAF(图 1a)。与芳基氟磺酸酯相比, SAF的亲电性降低可能是由于用 S=NR键取代了 S=O键,从而增加了 SAF中硫中心周围的电子密度,使氟与硫之间具有更强的键能 。尽管 SAF和芳基氟磺酸酯中的硫中心均为四面体构型,但在 SAF类型分子中该六价硫中心是手性的。 在这项研究中,我们通过亲和色谱—质谱联用将与 SAF反应的人类蛋白质进行了匹配,然后使用重组蛋白在体外验证所选的链接反应。我们证明了不同结构的 SAF可与不同组的人类蛋白质反应。最后,我们将基于胸苷分子改造的 SAF与聚( ADP核糖)聚合酶 1( PARP1)进行了匹配,并证明了其在体外和在活细胞中对 PARP1的共价抑制,该策略可能是用于治疗癌症的非共价 PARP1抑制剂的有效补充。
图 1 SAF 1–16 与 HEK293T 细胞裂解液中的蛋白质反应。 a ,用于合成含 SAF的化合物的方案。伯胺与 SOF4 反应形成酰亚胺基二氟氧硫,该中间体与仲胺反应生成 SAF。 b ,本研究中使用的 SAF化合物 1–16的结构。 c ,上图:在加入 TMR-N3 进行 CuAAC反应后,对 SAF化合物( 50μm)孵育( 18h)的 HEK293T裂解液进行 SDS-PAGE/罗丹明分析(详细条件请参见方法 )。每个 SAF都与一组不同的蛋白质反应,正如每个泳道中不同的条带模式所示。下图: SDS-PAGE凝胶的考马斯亮蓝染色表明每个泳道中蛋白质负载均等。每个条带的荧光强度的差异是由不同 SAF对蛋白质的反应产物而不是经过处理的 HEK293T裂解物之间蛋白质丰度的差异所致。该实验进行了两次,结果相似。 r.t.,室温。 SAF 与人类蛋白质反应。 我们着手考察人类蛋白质组与 16种结构不同的含 SAF化合物的反应性(图 1b)。 SAF化合物 1-16中大部分的结构未经报道,其中含有在本研究开始时可用的端炔结构。尽管我们希望使 SAF结构多样性最大化,但我们没有选择与特定蛋白质家族结合的基序。我们发现给定的 SAF与目标蛋白之间的反应进度在 24小时内线性增加。因此,我们选择 18小时作为孵育时间,将每个 SAF分别与 HEK293T细胞裂解液孵育,以捕获足够数量的 SAF链接蛋白,并将这 16个链接反应与荧光试剂四甲基罗丹明叠氮化物( TMR-N3 )进行一价铜催化的叠氮—端炔环加成( CuAAC)反应,并在变性凝胶( SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳( SDS-PAGE)中分离链接物后,用荧光显像(图 1c)。值得注意的是,通过 SDS-PAGE可检测到化合物 1-16对的人类蛋白质组显示出不同的反应性,这表明这些化合物不同结构对于不同蛋白质的亲和力是链接过程选择性的关键决定因素。为了更全面地考察形成的链接物并检测低丰度的链接物,我们使用了定量液相色谱—串联质谱( LC-MS/ MS)。
图 2 | 使用等量异位 MS/ MS 标签结合蛋白质组质谱技术鉴定 SAF1 – 16 靶向的蛋白质。 a , TMTLC-MS / MS工作流程。将 HEK293T裂解物用特定探针( 50μ M)处理 18h后,( 1)与生物素叠氮化物进行 CuAAC反应。( 2)使用链霉亲和素树脂富集蛋白质—探针链接物,然后将结合的蛋白用 Na2 S2 O4 从树脂上洗脱。( 3)用胰蛋白酶降解富集的链接物。( 4)用相应的 TMT试剂标记所得的肽段。( 5)收集标记的肽段并基于多维蛋白质鉴定技术进行 LC-MS/ MS分析,与 DMSO对照相比可进行蛋白质识别和定量分析; b ,通过定量 LC-MS/ MS显示所选蛋白质探针 SAF1– 16的富集率热图。所示蛋白的富集率> 1.5(相对 DMSO) P值< 0.25(通过双尾无配对 t检验计算)。灰色方块表示无法达到该标准。数据通过两次重复实验得出( n=2)。有关精确的富集率和 P值,请参见 SI。 蛋白质组学确定了 SAF1–16 的靶蛋白 。 为了确定 SAF 1–16靶向的人类蛋白质,我们对 16种蛋白质组标记反应(在 25°C下孵育 18小时)进行了可被还原裂解的生物素叠氮化物( biotin-N3 )的 CuAAC反应,随后通过链霉亲和素亲和色谱富集 SAF链接的蛋白质。使用连二亚硫酸钠( Na2 S2 O4 )从链霉亲和素树脂中洗脱结合的蛋白质后,用胰蛋白酶降解并进行串联质谱标签( TMT, tandem-masstag)标记。通过 LC–MS/ MS,以用二甲基亚砜( DMSO)处理过的蛋白质组细胞裂解物样品(作为媒介,但经过其他相同处理)为基准,对 SAF—蛋白质链接物进行定量分析(图 2a)。我们将某种蛋白质的富集率定义为用 SAF处理后样品中给定蛋白质与用媒介物处理后样品中相同蛋白质的 TMT所记录的离子强度的平均值的比值,并根据富集率对蛋白质进行排序。用富集率和统计学意义比较两种处理条件( SAF处理与 DMSO处理)下的重复测量值,以评估每种蛋白质靶点确定的可靠性。我们对蛋白质 “具有活性 ”(较强的富集度(富集率 >1.5),且两次测量具有合理的统计学一致性( P值 <0.25))程度进行了排序。此外,我们注意到几种蛋白质与不同 SAF大量富集,这进一步表明这些蛋白质对 SAF具有反应性。 正如在基于 SDS-PAGE分析的比较中观察到的(图 1c),对 SAF1-16与人细胞裂解液( HEK293T)反应的 LC-MS/ MS分析表明,由不同分子结构的 SAF形成的蛋白质链接物组之间存在显著差异(图 2b展示对 SAF具有反应性的蛋白质样品)。 SAF似乎可以靶向具有多种功能的蛋白质,包括酶和非酶。 结构蛋白和结合 RNA的蛋白只是 SAF1-16富集的分子功能中的几个(相对 DMSO富集率 >1.5, P值 <0.25)。在已被识别出的蛋白质中有 GSTP1, NME1和 CRABP2,它们都被证实与芳基氟磺酸酯官能团分子具有反应性。值得注意的是,我们发现了一些以前没有被芳基氟磺酸酯靶向的,但是在治疗方面十分重要的蛋白大量富集。其中包括: PARP1和 PARP2,它们是参与 DNA损伤修复途径的关键蛋白,也是 BRCA突变相关的乳腺癌和卵巢癌的有效治疗靶标;巨噬细胞迁移抑制因子( MIF, macrophagemigration inhibitory factor),它可增强某些癌症的转移潜能并在慢性和急性炎症性疾病中充当促炎信号;可溶性环氧化物水解酶( EPHX2, solubleepoxide hydrolase),其作为某些心血管疾病的治疗靶标在药理学领域已引起广泛关注;支链氨基酸转氨酶 1( BCAT1, branchedchain amino acid transaminase 1),它是骨髓性白血病、恶性上皮肿瘤,成胶质细胞瘤和某些乳腺癌的治疗靶标。尽管我们观察到了其他 SuFEx衍生的亲电试剂靶向的 137种蛋白质的富集,但 SAF1–16识别出的 491种蛋白质中有 72%以上与芳基氟磺酸酯或磺酰氟类探针所识别的蛋白质不同。
图 3 | 验证 SAF 与所选重组蛋白之间的反应 。 a ,所选 SAF( 30µm)和蛋白质( 3µM)之间反应( 24h)的荧光分析。标准曲线包含四组三倍稀释的荧光标记 MIF溶液( 3.00–0.037µM),该凝胶板代表三个独立的实验( n=3)。 b , a 中荧光带的定量图。误差棒代表三个独立实验( n=3)的平均数抽样误差。 P值采用双尾未配对 t检验计算。 **P≤0.01, ***P≤0.001;准确的 P值已在图中标明。 c , MIF与 BITC链接的 X射线晶体结构, Tyr96'来自相邻单体( PDBID 3WNT)。 d , EPHX2与 TPPU链接的 X射线晶体结构( PDBID 4OD0)。 e ,结合到 olaparib的 PARP1cat域的 X射线晶体结构( PDBID 5DS3)。黄色高亮的残基表示通过 LC-MS / MS识别出的对 SAF具有反应性的亲核位点。其他标记部分表示其他可能的结合位点和 /或可能与 SAF( c-e )反应很重要的残基。 f ,在含或不含 BITC( 50μm)的情况下, MIF( 5μm)和 SAF13 ( 50μm)反应( 24h)的荧光分析,该实验进行了一次( n=1)。 g ,在含或不含 TPPU( 10μm)的情况下, EPHX2( 3μm)和 SAF9 ( 50μm)反应( 24h)的荧光分析,该实验进行了一次( n=1)。 h ,在含或不含 olaparib( 10μm)的情况下, PARP1cat( 3μm)与 SAF2 ( 100μm)反应( 24h)的荧光分析,该实验进行了一次( n=1)。 验证 SAF 与所选蛋白的反应 。 为了验证通过亲和色谱 -MS/ MS鉴定出的对 SAF具有反应性的蛋白,我们表达并纯化了四种有重要治疗意义的蛋白,并使每种纯化的蛋白与具有高富集率( “阳性 ”活性化合物)或低 /无富集率( “阴性 ”活性化合物)的 SAF分别反应。对于 PARP1,我们仅表达了催化结构域( PARP1cat)。筛选出化合物 13 、 11 、 9 和 2 分别作为 MIF, BCAT1, EPHX2和 PARP1cat的阳性活性化合物,并同时筛选出化合物 10 、 1 、 15 和 11 分别作为相同蛋白质的阴性活性化合物。经过 18小时的反应后,每种蛋白质( 3μM)与 TMR-N3 进行 CuAAC反应,并通过 SDS-PAGE分离链接物,其结果用荧光可视化(图 3a)。在所有四种情况下,阳性活性化合物比阴性活性化合物与其各自对应的蛋白质反应性更强,并且具有统计学意义(图 3b)。这表明 BCAT1和 EPHX2都不与其 SAF探针有特异性反应。这可通过重组蛋白中关键的翻译后修饰的丧失和 /或与单独的缓冲液相比其在裂解物中经历的不同条件来解释。已知 EPHX2和 BCAT1都对其介质的氧化还原电位敏感,这可能会诱导其构象变化,从而影响与 SAF的结合和 /或反应性。根据 LC-电喷雾电离( ESI) MS的测定,发现 25°C下 16小时后,化合物 17 (未包含在我们的 16种化合物的库中)与 MIF发生定量和化学计量反应。因此,在每个变性凝胶上均包括一条标准曲线,该曲线包含完全结合到 17 和四甲基罗丹明的重组 MIF从 3µM至 37nM的三倍递减的系列稀释液中,以量化每个反应的进度(图 3)。
图 4 | 分析 SAF 子集的 PARP1 抑制活性。 a ,用于 PARP1自动修饰 assay的 SAF18-23 的结构。左图: 18-22 的结构,它们都具有共同的胸苷核结构,但所链接的 2°胺之间存在差异。右图:化合物 23 的结构。所有上述化合物均未通过用于识别 SAF反应蛋白的 IDD工作流程(图 2a)。 b , PARP1体外活性 assay的 SDS-PAGE分析。将 PARP1与所示化合物孵育 20分钟(顶部)或 18h(底部)后,加入 NAD+( 100μm)。在分析之前,将自修饰反应在室温下进行 1小时。 c , b 中的 SDS-PAGE定量分析。误差棒代表代表三个独立实验( n=3)的平均数抽样误差。使用双尾配对 t检验确定 P值。与用 DMSO处理的样品相比, *P≤0.05, **P≤0.01(有关分析和精确的 P值,请参见源数据)。 53.5%处的虚线表示体外未修饰的 PARP1的近似基线(在 20分钟和 18h的媒介物处理之间的平均值)。 d ,左图:在 PARP1cat的 NAD+结合位点结合的 Rucaparib的 X射线晶体结构( PDBID 4RV6)。 Tyr907( SAF反应残基)用黄色高亮显示,近端 Tyr889用绿色高亮显示, Rucaparib用粉色高亮显示。右图: FDA批准的 PARP1抑制剂 Rucaparib的结构。 e , PARP1cat( 3µm)和所选 SAF探针( 30µm)之间反应的凝胶内荧光分析。加入 olaparib( 30μm)作为对照,以消除 PARP1cat的 NAD+结合位点内的反应。在进行 CuAAC反应之前,将 PARP1cat与所示化合物孵育 20分钟(顶部)或 18小时(底部)。 f , e 中凝胶内的荧光定量分析。误差棒代表三个独立实验( n= 3)的平均数抽样误差。为了清楚起见,省略了包含 olaparib的反应结果。
图 5 | SAF 2 不可逆地抑制 HeLa 细胞中 PARP1 的活性。 a ,用 SAF处理过的 HeLa细胞中 PARylation的免疫印迹( IB)分析。将细胞与浓度递增的 olaparib、 SAF2 或 5 孵育 24h后,加入 10mMH2 O2 。用靶向 PAR(上)或 PARP1(中)的抗体分析印迹。 PAR和 PAR修饰的 PARP1的减少(即中间部分较高的分子量涂片)表明 PARP1酶活性受到抑制。该实验进行了一次( n=1)。 b ,用 SAF2 ( 100μm)或 olaparib( 0.1-10μm)处理 HeLa细胞 24h,然后用 PBS( pH7.4)洗涤细胞两次去除上述化合物后对聚( ADP—核糖)化程度进行的 Western印迹分析。用靶向 PAR(上)或 PARP1(中)的抗体分析印迹。用 2 处理并洗涤的细胞中 PAR和 PAR修饰的 PARP1的减少均表明 2 不可逆地抑制 PARP1。该实验进行了一次( n=1)。 GAPDH, 3-磷酸甘油醛脱氢酶。 三个靶蛋白上的 SAF 反应位点 。 为了进一步了解 SAF的链接位点,我们在已知的活性位点抑制剂存在下,将三种纯化的蛋白质与 SAF反应(图 3),随后将它们在体外与 TMR-N3 进行 CuAAC反应后通过 SDS-PAGE确认链接情况。 将已知能与 MIF的 N端脯氨酸残基( Pro1)成键(图 3c)的异硫氰酸苄酯( BITC;50μM)加入到重组 MIF( 5μM)和 13 ( 50μM)的反应体系后强烈抑制了链接物的生成(图 3f),这表明 SAF探针 13 与 Pro1或附近的残基反应。对 MIF·13 链接物的 LC-MS/ MS分析进一步证实了这一结果。类似地,将已知的 EPHX2非共价抑制剂 1-三氟甲氧基苯基 -3-( 4-( 1-丙酰基哌啶基))尿素( TPPU;10μM)(图 3d)加入到重组 EPHX2( 3μM)与 9 ( 50μM)的反应体系后,荧光信号大大削弱(图 3g),这表明 9 占据了酶的活性位点。该位点包含两个酪氨酸残基 Tyr383和 Tyr466,它们可水解某些脂肪族环氧化物。这两个催化残基中的任何一个都可能是 SAF和 EPHX2之间可能的反应位点,因为它们都易被硝化。通过对 EPHX2·9 链接物的 LC-MS/ MS分析表明 Tyr466为 EPHX2中的活性残基。值得注意的是, 9 的结构中同时包含芳基氟磺酸酯部分;但 9 和 EPHX2之间的反应发生在 SAF亲电中心,因为该蛋白质被其他不含芳基氟磺酸酯的 SAF( 1 和 12 )所富集。为支持该反应发生在 SAF的硫中心而不是芳基氟磺酸酯的硫中心的假设,我们使 EPHX2与另一种化合物 9* 反应,该化合物与 9 具有相似的结构,但不含芳基氟磺酸酯。 LC-MS/ MS证实 EPHX2和 9* 之间的反应发生在 Tyr466残基,与 9 反应的残基相同。在 PARP1非共价抑制剂 olaparib(图 3e)存在下, PARP1cat和 2 之间的标记反应并未生成共价链接物(图 3h),这表明 2 参与修饰烟酰胺腺嘌呤二核苷酸( NAD+)结合位点中的 PARP1。通过对 2 与 PARP1cat的反应进行 LC-MS/ MS分析,我们确定 2 在该位点与 Tyr907反应形成 PARP1·2 链接物。此外, 2 和 PARP1cat的 Y907F突变体(与野生型 PARP1cat相比)之间的反应被强烈抑制,进一步证实了上述结论。尽管我们不能排除竞争的变构机制,但先前报道的 BITC, TPPU配体和 olaparib似乎分别与 MIF, EPHX2和 PARP1cat中的 SAF反应性残基的近端结合。 SAF 在体外抑制 PARP1 活性 。 PARP1响应单链 DNA断裂并执行关键信号翻译后修饰。它利用 NAD+介导 ADP—核糖在自身和其他靶蛋白上的聚合。新合成的聚( ADP—核糖)( PAR)链充当了将各种蛋白质家族汇集到 DNA损伤部位的信号。考虑到 PARP1是已被验证的药理学靶点,我们试图确认该酶与 SAF探针的反应会抑制其酶活性。我们在选定的 SAF存在下测试了 PARP1的活性,除 23 外,所有 SAF都含有炔丙基胸苷结构(图 4a)。在加入 NAD+之前,用活化的受损 DNA和 SAF对 PARP1进行预孵育 20分钟后,除 23 表现出对 PARP1明显的抑制作用(图 4b)外,其余 SAF对 PARP1活性未见明显抑制。然而,在反应 18小时后, 2 和 5 也观察到对 PARP1明显的抑制作用(图 4b, c)。 23 与另一种 FDA批准的 PARP1抑制剂 rucaparib具有相似的结构。在检验与 rucaparib结合的 PARP1cat的共晶体结构(图 4d,蛋白质数据库( PDB) ID4RV6)后,我们认为, 23 的抑制作用主要是通过与 PARP1的非共价相互作用介导的。为了证明这一假设,我们将 2 、 5 、 20 和 23 与 PARP1cat反应 20分钟或 18h,然后与 TMR-N3 进行 CuAAC反应后,通过荧光 SDS-PAGE对结果进行定量分析(图 4e, f)。很明显, 23 并未与 PARP1cat反应。我们假设 23 在 PARP1cat的 NAD+结合位点采用接近 rucaparib的结合方向,这阻止了 SAF与 Tyr907结合。但是, SAF2 和 5 在 25°C仅 20分钟后即可与 PARP1cat反应。这些结果表明,用 SAF亲电试剂简单地修饰已知蛋白质配体的现有结构通常不会导致链接反应,这强调了 SAF位于合适位点的重要性。 SAF2 抑制 HeLa 细胞中的 PAR 合成 。 为了验证 SAF是否抑制活细胞中的 PARP1活性,我们用 2 、 5 或 olaparib处理 HeLa细胞 24h后,加入 H2 O2 处理 15分钟以诱导聚( ADP—核糖)化,在此期间未观察到细胞死亡。细胞裂解后,使用识别 PAR和 PARP1的抗体通过免疫印迹衡量 PAR修饰程度。用 2 处理的细胞在一般的聚( ADP—核糖)化和 PARP1自修饰中均表现出显著的活性降低,这与用 5 单独使用媒介处理的细胞结果不同(图 5a)。正如预期的是,用 olaparib处理(阳性对照)将导致 PAR合成完全抑制。同时注意到 2 也具有一定抑制细胞中 PARP1活性的能力,但其的结构尚未通过药物化学方法针对细胞通透性或 PARP1结合性进行优化。为了研究细胞活性,我们对 HeLa细胞用 olaparib或 2 处理 24小时后,洗涤细胞并加入新鲜媒介(不含抑制剂),再孵育 6小时。再加入 H2 O2 诱导 PARP1活性。结果显示出 2 保留了其大部分对 PARP1抑制活性,而 olaparib的活性则大大降低了(图 5b),这表明 2 的不可逆链接抑制了 PAR的合成,直到该酶被细胞重新合成。 总体而言,在过去的药物发现过程中,人们并未积极主动地利用能够与蛋白质发生不可逆反应的官能团,这可能是对脱靶反应性及其引发的相关毒性的担忧。 然而,最近出现了能表现出高度减弱的亲电反应性,但仍然具有与蛋白质潜在的反应性的新官能团,例如那些能够进行 SuFEx的官能团,这暗示着有意利用这些功能的药物发现工作可能会得到高度选择性的共价药物。 我们之前使用芳基氟磺酸酯的 IDD方法发现了针对 11种人类蛋白质的经过验证的共价探针。在本研究中,一组与病理密切相关的新蛋白质(例如 BCAT1, EPHX2, PARP1和 MIF)通过 IDD策略与 SAF相匹配。重组 BCAT1和 EPHX2对它们相应的 SAF探针显示出低反应性,这表明需要大量的药化工作来调节 SAF的功能。相反, MIF和 PARP1和我们第一代化合物库中 SAF的反应性很强,这表明发现对这些蛋白质更具反应性和选择性的 SAF化合物可能需要更少的工作。值得注意的是,我们证明了 2 即使在被洗脱后也抑制了活癌细胞中的 PARP1,这表明基于 SAF的 PARP1不可逆抑制可能是一类可行的抗癌策略。 DNA系统中用于损伤响应和修复的获得性或遗传性缺陷会增加终生患癌的风险。两种 DNA修复蛋白 BRCA1和 BRCA2中的突变是与家族性乳腺癌和卵巢癌相关的首批突变。对 PARP1靶点的研究是有吸引力的,因为 1980年的研究表明抑制 PARP1使白血病癌细胞会对细胞毒性烷基化试剂敏感。这一前提是建立在大量的前期临床证据基础之上的,这些证据支持 PARP抑制剂能够敏化和增强放疗和细胞毒性化疗的效果。然而,研究发现 BRCA突变细胞对 PARP抑制剂的敏感性提高了 1000倍这一关键性突破,使得在肿瘤学中对合成致死性进行临床验证成为可能,这一概念最早于 1922年提出,其中同时靶向两个基因或蛋白可能具有致死性,即使每个基因或蛋白的单独缺失和 /或抑制对其自身没有太大影响。 使用现有的 PARP1抑制剂治疗癌症的机制与高毒性(例如中性粒细胞减少和贫血)有关。基于共价作用机理的新型 PARP1抑制剂有可能避免与现有抑制剂相关的副作用。最近有报道称, PAR的合成均能促进 α-突触核蛋白在体外和体内的聚集,这突出了抑制 PARP1作为治疗帕金森的潜在疗法的重要性。这种疗法很可能需要延长作用时间,这正是基于 SAF的 PARP1抑制剂的特点。值得注意的是,我们的 PARP1活性化合物与 FDA批准的抑制剂(例如 olaparib)几乎没有结构相似性。我们的化合物代表了抑制剂设计和合成的新起点。对共价 PARP1抑制剂的优化可能会实现对 PARP1或 PARP2的选择性抑制,而非共价抑制剂则有望与更广泛的 PARP家族成员结合。 SAF表现出的低反应性意味着仅有一部分人蛋白质组能够与该官能团反应,这大大降低了相对于反应性更高的亲电试剂所观察到的脱靶反应性。我们利用此特点与它们的手性和简单的合成方法相结合,可以非常适合快速建立 SAF化合物库,因此有可能简化基于药物化学对已发现的活性化合物的优化方法。 对于涉及芳基氟磺酸酯的 IDD,则必须通过单独的反应或明智地使用一锅法,将亲电性基团和亲和链接位点置于不同位置,导致芳基氟磺酸酯在化合物库构建中的应用更具挑战性。基于上述原因,我们建议未来的 IDD过程认真考虑 SAF的潜力。
我的微信
关注我了解更多内容
上一篇 华东理工大学陈宜峰教授课题组在廉价金属催化的羰基化领域取得新进展
下一篇 Angew: 用铜调节单原子钯位点以增强电催化合成氨
文章导航
{list_comment type="article" format="Y-m-d H:i:s"}
no cache
Processed in 1.880175 Second.
目前评论:0