分享一篇发表在JACS上的文章，题目为“Proteomic Tracking Extracellular Vesicle RNA Interactors in Recipient Immune Cells through Orthogonal Labelings”，通讯作者是来自普渡大学的Andy Tao教授，他们课题组研究方向是功能蛋白质组学生物质谱的开发和应用。

RNA结合蛋白（RBP）参与调解生命周期的每个阶段。细胞外囊泡（EV）几乎由所有细胞分泌，可以通过递送RNA实现细胞间通讯，目前缺乏一种用于分析EV RBP的高通量方法。

本文作者提出了一种称为ERICOL的化学蛋白质组策略，能够在受体细胞中选择性捕获EV衍生的RNA相互作用蛋白。具体来说是使用4-硫尿苷4SU代谢标记RNA，然后超速离心分离EV，并与重标SILAC的受体细胞孵育，在不同时间点用紫外交联后，通过正交有机相分离纯化RBP，最终通过RNase酶释放实现鉴定。

作者首先进行了验证，证明了ERICOL确实可以有效捕获受体细胞（Jurkat T细胞）中的EV RBPs。然后作者将肿瘤来源EVs（TEVs）与Jurkat T细胞共孵育不同时间（1, 3, 5小时），揭示了EV RNA摄取和RBP结合的动态模式。

最后，作者应用ERICOL分析原发性人CD8+ T细胞接受野生型（CCLP-EVs）或IDH1突变型（RBE-EVs）肝内胆管癌（ICC）来源EVs后的变化。分析提示IDH1突变型EVs可能抑制免疫反应并促进T细胞死亡。作者还通过RNA免疫共沉淀（RIP）验证了关键候选RBP（如EP300, CNOT1, BRD3）与EV RNA的特异性相互作用。

总的来说，本文开发了ERICOL，并实现了在受体细胞中对EV RNA互作蛋白（RBPs）进行全蛋白质组水平的动态分析。

本文作者：YDP

责任编辑：LYC

DOI：10.1021/jacs.5c07631

原文链接：https://doi.org/10.1021/jacs.5c07631