有机所刘文组JACS | 五个唑杂环的分阶段合成-硫肽类抗生素sulfomycins的生物合成

  • A+
遇见/摘要

Sulfomycins是一类富含硫原子,结构中含有一个吡啶,五个唑以及若干脱氢氨基酸的35元大环RiPPs类化合物。本文发现了sulfomycins 中五个唑的两阶段合成途径,第一阶段是双结构域环脱水酶将L-Cys2  L-Thr9杂环化形成唑啉,然后异三聚体脱氢酶复合物将唑啉转化为唑;第二阶段是非典型的四组分唑合酶复合物,依次将残基L-Cys7, L-Thr5,  L-Ser12 转化为唑。在两个阶段中, E1-样伴侣蛋白介导了活性脱氢酶异三聚体和唑合酶异四聚体的形成。本文的发现加深了对不同含唑RiPPs生物合成的认知,并且为应用基因挖掘和合成生物学方法发现工程改造和创造新硫肽奠定了基础。


遇见/内容
 起初认为YcaO一个未知功能的结构域,得益于RiPPs生物合成和生化研究,其功能谜团逐渐被解开,它可以催化残基L-Cys, L-Ser  L-Thr的亲核侧链进攻羰基形成5-元杂环,随后与ATP一起磷酸化异丙酰胺中间体消除水,由此产生的唑啉单元可被黄素单核苷酸(FMN)依赖的脱氢酶氧化,产生更稳定的,抗蛋白水解的含唑杂环肽基骨架Fig.1,该骨架在linear azole-containing peptides (LAPs)cyanobactins以及thiopeptide抗生素等中普遍存在。

Figure.1 Azole formation and selected azole-containing thiopeptides


作者从克隆Streptomyces viridochromogeneATCC29776sulfomycins的生物合成基因簇入手,发现cosmid pSL5001中的16orfs参与sulfomycins合成。sulA编码sulfomycins合成的前体肽(54aa),其CP序列(SC2TTT5GC7TT9SSS12SSSSS)富含L-Ser,L-ThrL-Cys残基;sulB编码Ocin-ThiF-样伴侣蛋白(F蛋白),是E1-样腺苷化蛋白ThiF的同系物,融合了一个RiPP前体肽识别元件(RRE)的保守结构域;sulC编码双结构域蛋白(E1-YcaO),即YcaO结构域N-端融合一个不同的E1样结构域;sulDsulE分别编码单结构域的YcaO蛋白和E1-样伴侣蛋白;sulFsulG分别编码与典型硫肽脱氢酶N-端催化结构域和C-端黄素单核苷酸(FMN)结合结构域同源的蛋白,其中sulF编码蛋白是一个具有RRE结构域和E1样结构域特征的三结构域蛋白(Fig.2)。


Figure.2  Gene cluster and schematic models of the functional complexes 


前体肽SulA中的残基L-Cys2,L-Thr5,L-Cys7,L-Thr9L-Ser12是如何选择性形成唑?这引起了作者极大的兴趣,作者首先构建了一个产1sulAsulBCDEFG共表达大肠杆菌系统,在该系统中进行基因突变(如Fig.3),HPLC-MS以及HR-MS/MS检测,得四个中间体2-5,该结果初步表明,SulC很可能首先杂环化残基L-Cys2L-Thr9产生唑啉中间体45,然后SulFSulG催化45产生23最后SulD杂环化剩余的残基L-Thr5,L-Cys7L-Ser12



基于上述大肠杆菌系统中基因突变的结果,作者体外表达相关酶并进行酶催化反应,结果表明(Fig.4):SulBSulC通过形成典型的硫肽环脱氢酶异二聚体,首先以L-Cys2作为第一个靶向残基,形成4,接着以L-Thr9为第二个靶向残基形成5;然后SulEFG异三聚体复合物与FMN以非共价键方式结合,将5转化为3,同时也可将4转化为2


Figure.4  Processing of the residues L-Cys2 and L-Thr9 in the CP sequence of the precursor peptide SulA. 

 

L-Cys2L-Thr9的顺序确定后,那么残基L-Thr5,L-Cys7L-Ser12的杂环化过程是怎样的呢?作者将SulBSulESulD共孵育,发现催化3,但将SulEFG复合物与SulD共孵育,形成四组分唑合成酶复合物,却催化3转化为penta-azole1以及三唑中间体6和四唑中间体7Fig.5。结合产1大肠杆菌异源系统中将SulD的C-端L-Pro-富含区(该区域保守且不同的YcaO共享该区)截短实验,证明唑的形成是通过依次转化L-Cys7,L-Thr5L-Ser12。在该过程的体内外实验中,都没有唑啉产生,说明SulEFG的脱氢活性紧随SulD的杂环化活性,功能上相互协作,这一点也从恒温滴定量热法分析实验得到证实。


 Figure.5 Processing of the residues L-Thr5, L-Cys7 and L-Ser12 in the CP sequence of the precursor peptide SulA.


L-Thr5,L-Cys7L-Ser12转化过程中,SulE可能作为独特的伴侣蛋白发挥双重功能:SulESulF中心的E1-样结构域通过特殊相互作用与SulFG形成活性异三聚体脱氢酶复合酶,通过这种相互作用,它进一步介导SulD的环脱水酶活性,靶向加工肽底物以进行杂环化,这种活性得益于SulFN-端RRE结构域Fig.6


Figure 6. Paradigm for installing the five azole heterocycles in the biosynthesis of sulfomycins.


总结,文中作者揭示sulfomycins中的唑杂环通过两阶段模式合成,在第一阶段,双组分环脱水酶复合物SulBC对两个远端残基L-Cys2L-Thr9杂环化启动前体肽的PTMs,在该过程中,SulBC环脱水酶复合物似乎独立SulEFG脱氢酶复合物而发挥作用。在第二阶段,SulD 与SulEFG 相互作用形成一个罕见的异源四聚体,依次催化残基L-Cys7,L-Thr5L-Ser12转化为唑。在这两个阶段,SulE在介导各种特殊蛋白蛋白相互作用中扮演着非常重要的角色和功能,这个E1样伴侣蛋白在第一阶段是SulEFG异源三聚体的必要组分,形成脱氢酶复合物,然后在第二阶段中通过形成四组分,唑合成酶复合物参与SulD的杂环化酶活性。本文的研究结果促进了对各种含唑RiPPs生物合成的理解,并将有助于利用合成生物学策略设计和开发目标肽产物。


weinxin
我的微信
关注我了解更多内容

发表评论

目前评论:0