大分子有机物β值的计算简化

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来源:【高维度稳定同位素】

当前的位置特异性同位素测试技术(position-specific isotope analysis, PSIA)已经可以用于分析蔗糖、长链正构烷烃和尼古丁等有机物中不同碳/氢/氧元素的位置特异性同位素值。在可以预见的将来,PSIA将可以检测更复杂的生物分子,例如蛋白质和DNA的位置特异性同位素值。

分子内同位素平衡分布(Equilibrium Intra-ID)是有机分子中位置特异性同位素组成变化的绝对参考。我们在之前的文章中已经介绍过了用约化配分函数(RPFR或β值)来计算平衡同位素分馏效应,以及用Isotopic Bond Numbers来估算有机物的13β值。对于相对较小的分子,Ab initio的方法可以直接用来计算其β值。由于大分子有机物通常含有较多的原子。因此,对于大体系的量子化学理论计算需要大量的计算资源。而目前的计算机资源无法满足这一需求。这一局限性阻碍了我们对Intra-ID的理解和广泛应用。

为了简化大分子同位素效应的计算,已经有许多学者进行了大量的努力。同位素效应是局部效应,主要受其近端成键环境的影响。多种团簇模型已被用于计算矿物或溶液的β值。这些简化计算中,通常根据NNN规则将目标原子的β值简化为矿物中最接近的三个键,或溶液中水分子的三个壳(通常为24个水分子)(1)。对一组有机分子的目标氢原子Dβ计算表明,碳链上的氢可以用两个相邻键的分子簇来近似,而环上的氢可以用单个环来近似(2-4)。因此,我们预测:截断法(Cutoff method)可以简化有机大分子的几何优化和振动频率计算,从而获得其平衡同位素效应。

在我们刚发表的一项工作中(doi: 10.1016/j.gca.2019.10.032),我们计算了一系列具有2-18个碳原子的有机小分子,以测试截断尺寸对碳链或碳环中目标碳位置的13β值估计的影响。该简化方法使得酶反应KIE的计算,考虑溶剂效应,和使用更高的计算理论方法成为可能。


2020年1月7日前可通过此链接免费下载:https://authors.elsevier.com/a/1a56V3p4ZGNPo
(He, Y., Bao, H.and Liu, Y. (2020) Predicting equilibrium intramolecular isotope distributionwithin a large organic molecule by the cutoff calculation. Geochimica etCosmochimica Acta 269, 292-302.)
Einsteinon Simplification/Credit: Michael Levitt, Nobel Lecture, 2013


原创:何雨旸

出品:高维度稳定同位素

编辑:何雨旸

监制:鲍惠铭


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